Багато які вільні нуклеотиди здійснюють функції коферментів (НАД, НАДФ, ФАД і ін.) чи є макроергічними сполуками (АТФ, АДФ, УДФ, УТФ, ГТФ, ГДФ і ін.). Циклічна адснілова кислота (цАМФ) виконує функції посередника при дії гормонів.
Нуклеїнові кислоти за хімічною природою є полінуклеотидами. Число нуклеотидних залишків у молекулі нуклеїнової кислоти варіює від 80 до 106. Кожен тип нуклеїнових кислот має свої особливості.