При вивченні рослинності водойм та водотоків дослідник має справу з різними за морфологічними, біологічними та екологічними особливостями видами. Перш ніж приступати до індикації стану водних екосистем за вищими водними рослинами потрібно з’ясувати ці особливості.
Мікрофіти – це мікроскопічні водні рослини, водорості. Відповідно, макрофіти – це видимі неозброєним оком водні рослини. Макрофітами називають вищі водні рослини і нижчі рослини – макроскопічні водорості (харові, зелені тощо). У нижчих рослин (водоростей) тіло не розчленоване на органи і тканини, на відміну від вищих, у яких є складно побудовані вегетативні і генеративні органи: стебло, листок, корінь, квітка.