За Дідухом Я.П. та Плютою П.Г. процес фітоіндикації включає п’ять процедур.
Перша – вибір індиката, що передбачає постановку мети індикації (що індикувати?). У нашому випадку індикат – антропогенне забруднення водних екосистем, якість води, екологічний стан водного середовища.
Друга – вибір способу та масштабу виміру величини чи зміни індикатора (де індикувати?). Для виміру величини антропогенного забруднення водних об’єктів використаємо значення комплексного екологічного індексу, як інтегрального показника забруднення поверхневих вод.