Хрящові риби мають хрящовий череп, утворений мозковими капсулами, та щелепи, озброєні зубами.
В черепі вищих кісткових риб виділять два відділи: мозковий (осьовий) та вісцеральний. Багаточисельні кістки мозкового відділу з’єднані нерухомо, що забезпечує надійний захист мозку. Вісцеральний відділ утворюється щелепним та зяберним апаратом. Він складається з щелепної, під’язичної та п’яти зяберних дуг, прикритих зяберною кришкою, що складається з чотирьох кісток. На внутрішній стороні чотирьох дуг розташовані зяберні тичинки, а на зовнішній – зяберні пелюстки. На п’ятій зяберній дузі немає пелюсток. В деяких риб ця дуга перетворюється у нижньоглоткову кістку і на ній утворюються глоткові зуби, що розташовуються у 1…3 ряди.
Грудний або плечевий пояс складається з трьох кісток: ключиці, лопатки і коракоїда. До нього кріпляться грудні плавці.
Тазовий пояс представлений в кісткових риб двома кісточками, що зростаються, і до яких прикріплюються промені черевних плавців.