Колектив Інституту гідробіології НАН України проводить значний обсяг фундаментальних та прикладних досліджень у галузі гідробіології, теоретичної та прикладної гідроекології, екологічної фізіології, біохімії, токсикології, гідрохімії, та радіоекології гідробіонтів; рибогосподарського використання водойм та шляхів підвищення їх продуктивності; актуальних питань аквакультури і марикультури; моделювання процесів та прогнозування екологічного стану водних об’єктів; управління водними екосистемами тощо.