Другий – це оцінка стану поверхневих вод за рівнем трофності по п’ятьох класах та семи категоріях стану вод. У другому напрямку міститься значна частина першого варіанту, але враховано і регіональні особливості вод суші.
Оцінку якості вод здійснюють за допомогою комплексного екологічного індексу.
Іа, Ів, Іс – факторні індекси, визначаються за максимальним перевищенням однієї з характеристик у кожній групі при діленні їх фактичного значення (максимального, середнього) на регламентовану величину. Регламентована величина – екологічний норматив (ЕН) приймається як оптимальне значення показника за першим класом якості води. Оцінка якості поверхневих вод проводиться за трьома блоками показників: блок А – за показниками сольового складу, блок В – за трофо-сапробіологічними (еколого-санітарними) показниками, блок С – за специфічними показниками токсичної та радіаційної дії.